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三旧改造是一个复杂的工程。原有建筑物的基础上更新改造的困难，远远大于空地新建房屋。其中涉及的法律关系和遗留历史问题通常没有常规的现成解决方案和法律依据。
其中涉及的税务问题是无法绕开的议题，直接决定三旧改造是否成功的关键要素。很多三旧改造项目因为忽视了税收成本，导致三旧改造项目最终亏损。以下，我们将集中探讨三旧改造过程中的税费问题
三旧改造的税收问题关键是土地增值税，土地增值税的关键问题是土地的入账成本。能够解决了土地入帐成本，三旧改造的涉税问题旧解决了一半以上。三旧改造涉及的土地成本的原始成本比较低，通过常规的资产转让方式，将会导致“拿地阶段”的税负较高和资金沉淀问题。如果以原始成本入帐土，将会导致“销售阶段”的巨额土地增值税。有没有合法途径，既能实现土地溢价入帐，又降低前期费用，还能大幅降低后期税负呢？问题的关键是利用政府征收环节的税收优惠政策。
1. 应当尽量使用政府征收模式。通过政府征收方式，被拆迁主体能享受增值税、土地增值税、个人所得税的免税优惠和企业所得税的延期缴纳的特殊政策。拆迁主体能按照土地的公允价值入帐，并作为后期计算企业所得税、增值税和土地增值税的成本。
2. 拆迁主体与被拆迁主体不一致。被拆迁主体自行改造，不能享受税收优惠，土地溢价将部分无法入帐，导致销售环节承担高额的税费。被拆迁主体应另外成立公司，以新成立公司作为拆迁主体享受税收优惠政策
3. 在拆迁补偿合同要病名土地的出让代价。拆迁主体应当与被拆迁主体、政府部门在拆迁补偿合同中约定将拆迁补偿款、青苗补助款、市政配套等作为土地出让代价。在取得当地政府及房产部门、建设部门的支持，同时约定回迁房和公共配套用房不预售，登记价格为市场公允价格，回迁房登记在拆迁主体名下后转移登记在被拆迁人或政府指定的第三方。
4. 在政策许可和适当情况下，双抬头是最适合节省税费的方式。双抬头是指拆迁主体和被拆迁主体作为三旧改造的主体，以合作开发的方式进行改造。但是在实际操作过程中，双抬头的方式在建设、销售和融资方面可能存在较大困难，需要三旧改造的拆迁主体结合实际情况，综合衡量税收、当地政策和其他经济成本等因素。
征返用地是政府征收原农村集体所有的土地后，返还给原农村集体经济组织的建设用地。根据《东莞市征收农村集体土地、留用地管理实施意见》（东国土资〔2013〕124号）的第三条规定，征返用地“按实际征收土地面积的10%安排”
1. 征返用地可按照评估价格入帐。征返用地的土地价格应该包括两个部分，一部分是交纳的土地出让金，另外一部分是土地征收补偿金额。例如国家征收了100亩的用地，同时返还10亩给村集体。村集体支付10亩地的土地出让金，同时失去100亩地的使用权。因此以交纳的土地出让金作为土地成本是不正确的。
2. 争取征返用地的二次变更主体政策。根据深圳的征返用地政策，征返用地经过村股东大会五分之四表决通过后，可以通过招拍挂及协议出让方式转让。村集体首次转让征返用地时，允许采用补充协议变更土地出让合同受让人的方式。东莞地区可以借鉴深圳的先进经验，规避转让土地使用权的税费，。
根据《中华人民共和国印花税暂行条例》第二条规定，下列凭证为应纳税凭证：1.购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；2.产权转移书据；3.营业账簿；4.权利、许可证照；5.经财政部确定征税的其他凭证。印花税属于列举性质的凭证税，凡列举的凭证都应当缴纳印花税，未列举的凭证就不需要缴纳印花税。
1. 减免土地出让金，不能减少契税的计算依据。《国家税务总局关于免征土地出让金出让国有土地使用权征收契税的批复》（国税函[2005]436号）规定，根据《中华人民共和国契税暂行条例》及其细则的有关规定，对承受国有土地使用权所应支付的土地出让金，要计征契税。不得因减免土地出让金，而减免契税。
2. 取得土地支付的安置费、补偿费等作为契税的计算依据。《财政部、国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》（财税[2004]134号）第一条规定，出让国有土地使用权的，其契税计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。以协议方式出让的，其契税计税价格为成交价格。成交价格包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费、市政建设配套费等承受者应支付的货币、实物、无形资产及其他经济利益。需要强调，即使交纳了土地出让金并取得了不动产权证，在规划环节交纳的城市基础设施配套费通常也作为计税依据。
3. 土地前期开发成本应作为契税计算依据。根据《国家税务总局关于明确国有土地使用权出让契税计税依据的批复》（国税函〔2009〕603号 ）出让国有土地使用权，契税计税价格为承受人为取得该土地使用权而支付的全部经济利益。对通过“招、拍、挂”程序承受国有土地使用权的，应按照土地成交总价款计征契税，其中的土地前期开发成本不得扣除。
拆迁方用建造的本项目房地产补偿被拆迁人的，补偿房屋应按视同销售缴纳土地增值税，并应以市价作为视同销售销售收入的依据，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费，拆迁方没有因“平进平出”遭受损失，还能按照20%加计扣除，而且会因土地增值比例计算分母增大，可能适用较低的土地增值税税率。
文件依据：（一）《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条“非直接销售和自用房地产的收入确定”第一款“（一）房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产， 其收入按下列方法和顺序确认：1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。”。（二）《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知 》（国税函〔2010〕220号）第六条第（一）项“房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第（一）款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。”
1. 企业所得税的收入根据销售价格确认。根据《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）第七条规定，企业将开发产品用于捐赠、赞助、职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他企事业单位和个人的非货币性资产等行为，应视同销售，于开发产品所有权或使用权转移，或于实际取得利益权利时确认收入（或利润）的实现。确认收入（或利润）的方法和顺序为：（一）按本企业近期或本年度最近月份同类开发产品市场销售价格确定；（二）由主管税务机关参照当地同类开发产品市场公允价值确定；（三）按开发产品的成本利润率确定。开发产品的成本利润率不得低于15%，具体比例由主管税务机关确定。
2. 企业所得税的成本分为建筑成本和土地成本两个部分。其中建筑成本根据实际施工成本确定。土地成本根据视同销售的金额确定，文件依据为《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）第三十一条第（一）项第1小点：“换取的开发产品如为该项土地开发、建造的，接受投资的企业在接受土地使用权时暂不确认其成本，待首次分出开发产品时，再按应分出开发产品（包括首次分出的和以后应分出的）的市场公允价值和土地使用权转移过程中应支付的相关税费计算确认该项土地使用权的成本。如涉及补价，土地使用权的取得成本还应加上应支付的补价款或减除应收到的补价款。”
原则上，拆迁方（开发商）补偿实物房屋应视同销售计算增值税。视同销售也有几种计算方式，包括参照项目楼盘的价格、临近楼盘的价格及成本加利润三种方式。营改增前，税务部门规定按照成本加利润的方式计征营业税。营改增后，税务部门没有出台明确的税收政策。实践中，拆迁主体参照营改增的方式确定收入，同时剔除土地使用权的成本。
1. 在土地增值税的法律体系中，房屋与土地统称为房地产，所以被拆迁方被征收的土地和房屋是免征土地增值税的。但是在增值税的法律体系中，房屋与土地是不同的纳税对象，税收规章和规范性文件只是明确向国家返还土地使用权是免征增值税的，理论上说房屋是属于增值税的纳税对象。有观点认为征收行为不能视同销售，并不等同于有偿转让。笔者认为无论是市场行为还是政府行为，对于拆迁方的法律效果都是丧失了房屋的所有权，对应的税收义务是一致的，若被拆迁人认为计税价格偏高可以提出异议并寻求司法救济。在实践中，东莞地区的被拆迁户没有收到税务部门关于房屋补偿的增值税征税要求。
2. 设备损失补偿款的与房屋补偿款性质一致，应当参照房屋补偿款的税务处理方式。
免征土地增值税的依据。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（2011修订）第八条第二项：“因国家建设需要依法征收、收回的房地产。”，《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字〔1995〕6号）第十一条第三款：“条例第八条（二）项所称的因国家建设需要依法征用、收回的房地产，是指因城市实施规划、国家建设的需要而被政府批准征用的房产或收回的土地使用权。”
征收增值税的政策依据。根据在《营业税改征增值税试点实施办法》第十条规定“销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产”，拆迁房屋是有偿转让，属于增值税的征税范围。根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件3《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》第一条第（三十七）款规定：“土地使用者将土地使用权归还给土地所有者免征增值税”，所以拆迁房屋并不属于的免征项目补偿免征项目。类似的，设备赔偿等都是并不属于免征的范围（如北京国税解答：“企业的房产被拆迁，获得了另一处的房产补偿和一部分现金补偿，被拆迁企业是不是要把作为补偿的房屋作价加上取得的现金补偿收入按销售不动产来缴纳增值税？被拆迁企业获得的补偿房屋对应的进项税额，是否可以抵扣？答：取得的拆迁补偿款（现金补偿和房屋补偿）按照转让不动产缴纳增值税。取得的补偿房屋若可以取得增值税专用发票，是可以抵扣进项税额的。”湖北国税解答：“纳税人将国有土地使用权交由土地收购储备中心收储，取得的补偿收入能否免征增值税？纳税人将国有土地使用权交由土地收购储备中心收储，取得的建筑物、构筑物和机器设备的补偿收入征收增值税，取得的其他补偿收入免征增值税。”）
1. 安置补助费是指国家在征用土地时，为了安置以土地为主要生产资料并取得生活来源的农业人口的生活，所给予的补助费用。安置补助费不符合“有偿转让”的特征，不属于增值税的征收范围。
2. 停工损失是指项目建设需拆迁企业而导致企业停产所必须支付的各种费用及应当获取的正常收益。停工损失不符合“有偿转让”的特征，不属于增值税的征收范围。
青苗补偿费是指国家征用土地时，农作物正处在生长阶段而未能收获，国家应给予土地承包者或土地使用者的经济补偿或其他方式的补偿。根据《国家税务总局关于个人取得青苗补偿费收入征免个人所得税的批复》（国税函发〔1995〕79号）（税务总局的法规库无法找到该文，在威科现行的法规库中显示该文有效）的规定，青苗补偿费的性质是种植业范围的补偿性收入。农业生产者销售的自产农产品是免征增值税的，所以青苗的补偿费免征增值税。
红线即规划部门审批通过的用地控制线。在三旧改造的过程，政府部门或者村集体往往要求拆迁主体承担红线外的道路建设及提升周边环境的义务。根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理的有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第四条第（一）项和《广州市地方税务局关于印发2014年土地增值税清算工作有关问题的处理指引的通知》
（穗地税函〔2014〕175号）第三条的规定，拆迁主体应当在土地出让协议或补充协议列明红线外的建设责任才能作为土地成本。东莞地区可以参照上述规定，拆迁主体自行在红线外的开发支出成本则不得作为土地开发成本。企业所得税也可以参照同样的原则。
根据《广东省人民政府关于提升“三旧”改造水平促进节约集约用地的通知》（粤府〔2016〕96号）的第四条“完善配套政策，形成“三旧”改造政策合力”，第（十五）项规定“各地实施“三旧”改造要优先选择工矿企业棚户区和城市危旧房进行改造，执行“三旧”改造优惠政策。“三旧”用地也可按规定纳入棚户区改造范围，享受棚户区改造优惠政策。”
根据《财政部、国家税务总局关于棚户区改造有关税收政策的通知》(财税〔2013〕101号)的规定，按照安置用房的建设用免征城镇土地使用税，免征安置用房相关印花税以及购买安置住房的个人涉及的印花税予以。配建安置用房的，按照安置住房建筑面积占总建筑面积的比例免征城镇土地使用税、印花税。
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